لایحه دائمی کردن قانون مالیات بر ارزش‌افزوده در اسفند‌ماه 1395 تقدیم مجلس شورای اسلامی شد. این لایحه قریب به دو سال در کمیسیون اقتصادی و کارگروه مالیاتی آن مورد بررسی قرار گرفت. در بررسی مفاد لایحه دو محور مورد توجه جدی مرکز پژوهشهای مجلس قرار داشته است. یکی آسیب‌شناسی دوره 10 ساله اجرای آزمایشی قانون مالیات بر ارزش‌افزوده و دیگری دریافت نظرات تمامی ذی‌نفعان مالیات بر ارزش‌افزوده و به ویژه مؤدیان و فعالان اقتصادی بخش خصوصی.
بر اساس این گزارش بررسی‌‌های کارشناسی مرکز پژوهش‌‌ها و مشاهدات و بازدیدهای میدانی از شهرک‌‌های صنعتی و بنگاه‌‌های تولیدی نشان از نقایص و ضعف‌‌های متعدد در قانون مالیات بر ارزش‌افزوده و نحوه اجرای آن توسط سازمان امور مالیاتی داشته است که برخی از مهم‌ترین آنها شامل تاریخ تعلق مالیات، نحوه و مدت زمان استرداد مالیات‌‌های پرداخت شده به صادرکنندگان، پذیرش اعتبار مالیاتی فعالان اقتصادی، ممیز محوری در رسیدگی به اظهارنامه‌‌های مالیاتی و تشخیص میزان مالیات، ابهام در ارسال کالا و خدمات به مناطق آزاد تجاری-صنعتی، حمایت از کالاهای خارجی (وارداتی) در مقابل تولیدات ملی، وجود شرکت‌‌های کدفروش و معاملات صوری، وجود فرایند معیوب دادرسی مالیاتی در سازمان امور مالیاتی، خلأ و یا ابهام در تعریف مفاهیم مورد نیاز برای اجرای قانون، مشکلات پیمانکاران در پرداخت مالیات بر ارزش‌افزوده علی‌‌الخصوص پیمانکاران طرف قرارداد با کارفرمایان دولتی، عدم اعطای معافیت و یا نرخ صفر به تجهیزات و خطوط تولیدی کالاهای معاف، ضعف در زیر‌ساخت‌‌های فنی و اجرایی سازمان امور مالیاتی، تشخیص میزان مالیات متعلق به شیوه علی‌‌الرأس و تعیین سلیقه‌‌ای آن، بلاتکلیفی طولانی‌مدت مؤدیان در خصوص رسیدگی به اظهارنامه‌‌های مالیاتی آنها (نبود مرور زمان در نظام مالیات بر ارزش‌افزوده)، عدم توجه به موضوع انحلال اشخاص حقوقی و یا انتقال واحدهای صنفی و ... بود.
در لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده برای مشکلات و آسیب‌‌هایی نظیر استرداد مالیات‌‌های پرداختی به تولیدکنندگان و صادرکنندگان، خلأها و ابهام‌های موجود در تعریف مفاهیم مورد نیاز برای اجرای قانون، عدم اعطای نرخ صفر به عرضه داخلی انواع داروهای درمانی و پیشگیری، عدم اعطای نرخ صفر به عرضه داخلی ماشینآلات و تجهیزات سرمایه‌‌ای، عدم استرداد مالیات خرید ماشینآلات خطوط تولید کالاهای معاف از مالیات بر ارزش‌افزوده، عدم توجه به موضوع انحلال و انتقال واحدهای صنفی، محاسبه یارانه پرداختی از سوی دولت به برخی از کالاها و خدمات در مأخذ محاسبه مالیات، مشکلات پیمانکاران در پرداخت مالیات بر ارزش‌افزوده، ابهام و ضعف در اخذ عوارض آلایندگی از واحدهای تولیدی آلاینده و ... چاره‌اندیشی‌هایی شده است که بررسی راهکارهای ارائه شده توسط لایحه دولت نشان می‌‌دهد که راهکارهای مذکور می‌‌تواند برخی از مشکلات و آسیب‌‌های مذکور را مرتفع کند.
در این گزارش همچنین تاکیده شده است که در لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده که از سوی دولت به مجلس شورای اسلامی تقدیم شده در مورد ریشه‌ها و دلایل برخی مسائل و چالش‌های به‌وجود آمده در اجرای قانون غفلت شده است. مواردی نظیر تاریخ تعلق مالیات، ممیزمحوری، تشخیص سلیقه‌‌ای میزان مالیات و استفاده از شیوه علی‌‌الرأس، الگوی حکمرانی نامناسب در نظام مالیاتی کشور، توسعه معافیتهای مالیاتی، حمایت از کالاهای خارجی (وارداتی) در مقابل تولیدات ملی، فرایند نامناسب دادرسی مالیاتی در سازمان امور مالیاتی، پذیرش اعتبار مالیاتی فعالان اقتصادی، نبود مرور زمان در نظام مالیات بر ارزش‌افزوده و ... برخی از این موارد است که در کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی، تلاش‌‌های قابل توجهی برای حل‌وفصل موارد مذکور انجام گرفت.
این گزارش می افزاید : برخی موارد در مصوبات کمیسیون اقتصادی وجود دارد که به نظر می‌رسد اصلاح آنها بتواند آثار و تبعات مثبت قابل توجهی در نظام مالیاتی بر جای گذارد. برخی از اصلاحات پیشنهادی بر روی مصوبات کمیسیون عبارتند از: اصلاح کامل فرایند دادرسی مالیاتی مطابق با تجربیات موفق جهانی، لزوم مشمول کردن مناطق آزاد تجاری – صنعتی و ویژه اقتصادی در نظام مالیات بر ارزش‌افزوده، کاهش دامنه معافیتهای مالیاتی، کاهش اختیارات و مزایای سازمان امور مالیاتی (لغو امتیازاتی نظیر داشتن آیین‌نامه خاص مالی و اداری و استخدامی خارج از چارچوب مقررات عمومی دولت برای سازمان امور مالیاتی و یا اعطای مجوز استخدام 2 % (دو درصد) از افراد مورد نیاز خارج روال‌های عادی و عمومی به سازمان امور مالیاتی).
مرکز پژوهش های مجلس شورای اسلامی