بیش از ده سال از زمان تصویب و اجرای آزمایشی قانون مالیات بر ارزش‌افزوده در سال 1387 با اهدافی نظیر گسترش پایه‌های مالیاتی و افزایش درآمدهای مالیاتی دولت، انتقال بار مالیاتی از تولید و سرمایه‌گذاری به مصرف، اجتناب از اخذ مالیات مضاعف، ساماندهی مالیات‌ها و عوارض متعدد و پراکنده، توسعه اطلاعات مالی و مالیاتی از طریق شفاف‌سازی فعالیت‌های اقتصادی و ... سپری‌شده است. اما طی این سال ها همیشه انتقاداتی از سوی کارشناسان و فعالان اقتصادی به مالیات بر ارزش افزوده بوده است.  

مرکز پژوهش های مجلس در گزارشی آسيب شناسي اجراي قانون ماليات بر ارزش افزوده در ایران را مورد بررسی قرار داده است. طبق این گزارش، بر اساس مفاد قانون مالیات بر ارزش افزوده بنا بود که بعد از گذشت 5 سال از اجرای آزمایشی نظام مالیات بر ارزش‌افزوده و نمایان شدن آسیب‌ها و چالش‌های آن، ضمن رفع آسیب‌ها و چالش‌های احتمالی، قانون مالیات بر ارزش‌افزوده به یک قانون دائمی تبدیل شود که البته این امر حدود پنج سال به تعویق افتاده است.

این گزارش می نویسد: اکنون با توجه به تجربیات فراوانی که طی سالیان گذشته حاصل‌شده باید با شناسایی و اولویت‌بندی آسیب‌ها و چالش‌های قانون مالیات بر ارزش‌افزوده و نحوه اجرای آن، نسبت به رفع آن‌ها در لایحه دائمی کردن قانون مالیات بر ارزش‌افزوده که در تاریخ 23/12/1395 از سوی دولت به مجلس شورای اسلامی تقدیم شده است، اقدام کرد.

در گزارش مرکز پژوهش ها، با توجه به اظهارنظر خبرگان اقتصادی و مالیاتی درباره این قانون و نحوه اجرای آن، نظرات بخش خصوصی و دستگاه‌های اجرایی و شرایط عینی مشاهده‌شده در بازدیدهای میدانی کارشناسان مرکز پژوهش‌های مجلس از بنگاه‌ها و شهرک‌های صنعتی، مهم‌ترین آسیب‌های وضعیت موجود نظام مالیات بر ارزش‌افزوده در کشور ارائه شده است.

در ایران تصویب و اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده با 6 دهه تأخیر نسبت به فرانسه در سال 1387 انجام گرفت. برای اولین بار لایحه مالیات بر ارزش‌افزوده از سوی دولت در سال 1366 به مجلس شورای اسلامی ارائه شد و پس از بررسی در کمیسیون اقتصادی و گذشت بیش از 6 ماه از مطرح‌شدن آن در صحن علنی مجلس شورای اسلامی و متعاقباً تصویب برخی از مواد آن، با توجه به شرایط خاص اقتصادی کشور در دوران جنگ تحمیلی لایحه مزبور با تقاضای دولت باز پس گرفته شد. در سال 1370 بخش امور مالی صندوق بین‌المللی پول، در راستای اصلاح نظام مالیاتی جمهوری اسلامی ایران، اجرای سیاست مالیات بر ارزش‌افزوده را به‌عنوان یکی از عوامل اصلی افزایش کارایی و اصلاح نظام مالیاتی پیشنهاد کرد. طی سال‌های مذکور مباحث و مطالعات فراوانی از سوی وزارت امور اقتصادی و دارایی برای طراحی مناسب نظام مالیات بر ارزش‌افزوده انجام شد که در قانون برنامه سوم توسعه زمینه‌های اولیه اجرای آن با قانون تجمیع عوارض پی‌ریزی شد. نهایتاً با استفاده از اصل هشتادوپنجم (85) قانون اساسی، قانون مالیات بر ارزش‌افزوده توسط کمیسیون اقتصادی مجلس شورای اسلامی در سال 1387 برای اجرای آزمایشی به مدت پنج سال تصویب شد.

براساس این گزارش، از منظر برخی از صاحب‌نظران و فعالان اقتصادی، تصویب و اجرای آزمایشی قانون مالیات بر ارزش‌افزوده یکی از مهم‌ترین و پرچالش‌ترین قوانین اجراشده در کشور بوده است. اجرای این قانون بعضاً با اعتراضاتی همراه بوده است. این امر تا بدان جا پیش رفت که به توقف کوتاه‌مدت در اجرای قانون با دستور رئیس‌جمهور وقت و همچنین تعطیلی برخی از واحدهای اقتصادی در اعتراض به آن منجر شد. اگرچه طی ده سالی که از تصویب و اجرای آزمایشی قانون مالیات بر ارزش‌افزوده گذشته است، درآمدهای مالیاتی قابل‌توجهی نصیب دولت شده است، اما مشکلات پیش‌آمده در نحوه اجرا و یا ضعف‌ها و خلأهای موجود در قانون مالیات بر ارزش‌افزوده، برخی فعالان اقتصادی را با مشکل مواجه کرده است. ریشه مشکلات به وجود آمده در وضعیت کنونی اجرای قانون مالیات بر ارزش‌افزوده به عوامل مختلفی ازجمله فرایندها و روش‌های نامناسب اتخاذشده توسط سازمان امور مالیاتی (عملکرد نامناسب دستگاه مالیات ستان)، ضعف‌ها و خلأهای موجود در قانون مزبور، شرایط و ساختار اقتصادی کشور مربوط می‌شود.

این گزارش همچنین خلاصه اهم مسائل و چالش ها در اين رابطه را در حوزه قانون و مسائل و مشکلات اجرايي دسته بندی کرد. برخي از مهمترين مسائل و اشکالات موجود در قانون آزمايشي ارزش افزودده عبارتند از: «عدم تعريف برخي مفاهيم کليدی قانون يا ابهام در تعاريف آنها؛ ابهام درخصوص ماليات بر ارزش افزوده مناطق آزاد تجاری- صنعتي؛ مسائل و مشکلات مرتبط با تاريخ تعليق ماليات؛ فرايند دادرسي نامناسب و ناکارآمد؛ معافيت های متعدد و قطع زنجيره اخذ ماليات بر ارزش افزوده از کالاها و خدمات؛ مميزمحوری و رواج شيوه علي الرأس در نظام رسيدگي و تشخيص ماليات.» همچنین برخي از مهمترين مسائل و چالش های منبعث از نحوه اجرای قانون عبارتند از: «مسئله استرداد اعتبار مالياتي مؤديان؛ مسئله ايجاد شرکت های صوری؛ تعدد آيين نامه ها و بخشنامه های صادره؛ نبود وحدت رويه رسيدگي، تشخيص و وصول ماليات.»

اتاق تهران